可用于对蔬菜、瓜果、食品用具、手和其他物品清洗、消毒。也可以用于制药行业、食品加工行业的管路、生产设备及盛装容器的浸泡和清洗，从而达到消毒灭菌的目的。采用高浓度臭氧水进行浸泡、冲洗，一是管路、设备及盛装容器表面的细菌、病毒被大量冲淋去除；二是残留在表面上的未被冲走的细菌、病毒被臭氧杀死，使用简单，在医药生产和食品加工中不会产生死角，避免了生产中使用化学消毒剂带来的化学毒害物质的排放和残留污染等环境问题，使用臭氧水消毒灭菌，是极其有效和安全的。

在日本，使用高浓度臭氧消毒水已经成为消毒领域的重点，特别是在1996年夏季，病原型大肠杆菌0-517爆发性感染事件中，以前使用的次氯酸钠、乙醇、乙酸等杀菌剂，在长期的100－300ppm浓度下，致使大肠菌等革兰氏阴性菌产生极强的抗药菌变异，而作用机理完全不同的高浓度臭氧消毒水对此却十分有效。而在日本的医疗卫生系统，抗青霉素金黄色葡萄球菌感染也成为严重的问题，使用高浓度臭氧水进行医疗人员洗手以及医疗器械消毒的解决办法受到了重视。对于一般细菌，1mg/L臭氧水已经足以杀死。而对于病毒的灭活，我们建议应使用高浓度臭氧水，可以对诸如亲脂性病毒和亲水性病毒（包括甲肝HAV、乙肝HBV、丙肝HCV以及艾滋病毒HIV），绿脓杆菌，荧光假单胞菌属，军团菌属，产黄杆菌属，产碱杆菌属，阿米巴原虫，人致病性真菌（如白色念珠菌属）等等。